简介：接到初中同学鸟羽美佐求救信的金田一和剑持、美雪一同来到南国乐园---夕暗岛，却发现美佐神秘失踪！ 而就在展开调查的当晚，金田一和剑持也神隐到了另一座与夕暗岛极其相似的荒岛上！ 同一时间，听闻夕暗岛上发生不可思议事件的柯南也来到岛上，接受美雪请求的他开始寻找金田一的下落时，好像惊现了美佐的尸体！ 柯南所在夕暗岛上，权势者相继神隐，金田一所在的另一座夕暗岛上，二十五年前发生的事件不断重现！ 仅凭侦探徽章联系的两位名侦探，向笼罩着两座孤岛的巨大阴谋发起了挑战。

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